Die Deutsches Primatenzentrum GmbH hat zwei Geschäftsführungen. Diese führen die Geschäfte der Gesellschaft nach Maßgabe der für die Gesellschaft geltenden rechtlichen Bestimmungen, des Gesellschaftsvertrages und der Beschlüsse der Gesellschafterversammlung und des Aufsichtsrates.
- Der wissenschaftliche Geschäftsführer führt die Amtsbezeichnung „Direktor“. Er repräsentiert die Gesellschaft und führt die laufenden Geschäfte im wissenschaftlichen Bereich. In Abstimmung mit dem Aufsichtsrat und dem Wissenschaftlichen Beirat bestimmt er die wissenschaftliche Ausrichtung der Gesellschaft. Der Direktor stimmt zur Durchführung des Forschungsprogrammes die Arbeiten der Abteilungen beziehungsweise der entsprechenden Organisationseinheiten aufeinander ab. Seit 2001 ist Stefan Treue Direktor des DPZ.
- Der administrativen Geschäftsführerin obliegt es, den administrativen, organisatorischen und infrastrukturellen Rahmen für die erfolgreichen wissenschaftlichen Leistungen am Institut zu gestalten. Seit 1. Juli 2020 ist Katharina Peters die administrative Geschäftsführerin am DPZ.